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交通运输部、国家税务总局联合印发了《交通运输部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2017年第66号），明确了收费公路通行费增值税电子普通发票（以下简称通行费电子发票）开具以及相关税收政策： 2018年1月1日以后使用ETC卡或用户卡交纳的通行费，以及ETC卡充值费可以通过发票服务平台开具通行费电子发票，不再开具纸质票据。 2018年7月1日起，纸质通行费票据仅能做为企业支出成本入账处理，不再能进行进项税税抵扣，仅通行费电子发票可进行进项税抵扣，通行费电子发票抵扣期限同其他增值税扣税凭证相同。 相关政策链接：http://xxgk.mot.gov.cn/jigou/glj/201712/t20171227_2979621.html

通行费电子发票也是一种增值税普通发票，但是是唯一可以进行进项税抵扣的增值税普通发票。其他增值税普通发票不能进行进项税抵扣，只能作为成本/费用入账处理。

通行费电子发票的税率分为为3%，5%，9%和不征税发票4种：
3%税率：通行的是2016年4月30日以前开工建设的高速公路。
5%税率：通行的是2016年4月30日以前开工建设的一级、二级收费道路。
9%税率：通行的是2016年5月1日以后开工建设的收费道路。
不征税：通行的是政府还贷公路部分，则开具的是不征税发票。

并不是所有通行费电子发票都可以抵扣，通行费电子发票的进项抵扣原则上需要符合以下几个条件：
1) 用途：抵扣的通行费电子发票必须符合“三流合一” 的要求，即：“货物、劳务及应税服务流”、“资金流”、“发票流”必须都是同一受票方，也就是说非因物流公司的主营业务所发生的通行费电子发票是不能抵扣的，比如：公司接送职工上下班客车的通行费用所产生的通信费电子发票，企业员工私家车ETC卡开出的企业抬头的通行费电子发票，其他物流公司错开出的本企业的通行费电子发票等都不能进行抵扣。
2) 时效：增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。

用户使用ETC卡或用户卡通行收费公路并交纳通行费的，在正常交易情况下实际发生通行费用后10个自然日（遇法定节假日顺延）内，可获取到通行费电子发票，但因各ETC卡发卡方账单的截止时间设置不同，可能经常造成当月发票与卡方账单不一致的情况发生。